BUCKy:贝叶斯一致性分析软件

BUCKy:贝叶斯一致性分析软件

利用贝叶斯一致性分析(Bayesian Concordance Analysis,BCA)进行多位点数据分析的软件。在BCA中,每个位点假设具有独立的基因谱系(genealogy)。基因间的谱系不一致程度拥有参数α。

BUCKy分析总共有两步,首先利用MrBayes等软件分别计算每个位点或者基因组窗口的进化谱系(进化树),然后将这些所有的进化树一起输入到BUCKy进行分析。BUCKy包包括两个分别的程序:mbsumbucky。前面一个总结MrBayes每个位点的生成文件,其生成文件然后利用bucky进行BCA分析。

软件安装

BUCKy为命令行程序,从官网下载最新版bucky=1.4.4.tgz后,典型的安装命令包括:

tar -xzvf bucky-1.4.4.tgz
cd ./bucky/src
make

程序的简单使用

当序列排布文件mygene.nex利用MrBayes独立分析了2次(或者n次)之后,会生成树文件mygene.run?.t文件,每个.t文件里有k个树(其中m个树用于burn-ins需要在正式分析里去除)。利用mbsum总结树文件,生成文件`mygene.i

mbsum -n m -o mygene mygene.run?.t

然后进行BUCKy分析:

bucky [-options] mygene.in

选项-a是主要需要考虑的参数,即树间不一致的先验,缺省为1.-c可设置冷热数,例如1个冷链,3个热链。缺省为1个冷链,无热链。-n缺省值为100,000,可以人工增加MCMC更新的长度。--use-update-groups选项促进一致性。-k独立运算次数,缺省为2次,一般可为4次。-s为保存的取样瘦身,即每s个迭代取一次样。缺省为1.同时需要--create-sample-file选择时才生效。--calculate-pairs计算成对位点共享同一个进化树的后分布可能性,缺省无。

一致树(concordance tree)和居群树(population tree)

前者为所有支系清晰解决的树,可能包括CF(concordance factor)小于50%的节点。而后者是利用quartet一致性因子推断的树。对于任意的4个类群有3中进化关系,选择CF最高的进化树用于居群树的构建。


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