几个可以进行Dotplot可视化画图的软件工具

Dotplot,或者叫点阵图是比较两条DNA序列或者蛋白序列最有效的图形化工具,可以快速的发现两条序列间的异同,包括重复基因、插入缺失、转位颠倒等,还可以用来进行SSR发掘和各类转座子和反转座子识别。可以用来进行Dotplot分析的软件最出名的就是Dotter,但是其运行相对缓慢,而且有时会有些莫名其妙的问题。最近读一篇文章发现一个作者推荐的比较好的软件:Gepard,基于Java环境,并利用所谓的suffix arrays大大减少了运行的时间。在Ubuntu中亲测确实比Dotter的速度快很多,而且使用起来还比较的方便。

此外,一些综合性的分析软件本身也集成了进行Dotplot分析的功能,典型的比如Ugene
Geneious。后者也是基于Java的,从效果看后者要稍微的好一些,但都还可以用。不过相比而言,作为软件易用性本身而言,Gepard更加的简单实用。


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